该系统由试点院校的行政职能部门(如研究生院、研究生处等)、各院系负责研究生工作的领导和干事及EDM研究生导师组成。
该系统中学校研究生院(处)是行政管理机构，主要职责是监督、检查、指导全校各学院(系)培养单位EDM专业学位工作，保证培养方案的实施。通过统一管理与协调，提高EDM的培养质量。校各学院(系)负责研究生工作的领导小组及EDM导师，要根据国务院学位办有关文件规定和全国EDM专业学位教育指导委员会有关意见，结合本校本学科专业实际，提出指导思想明确、具有可操作性的培养方案，就培养目标、规格、招生对象、培养方式、学习年限、课程设置、考试、学位论文撰写与学位授予等问题作出明确规定。诸如试点工作管理与实施意见，EDM指导教师进选办法、研究生学籍管理、经费分配、实践基地理设管理等有关规定。这些规章制度使各试点学校在研究生培养的各个环节基本做到了有章可循、规范管理。
EDM专业学位执行导师直接面对学员，协助院(系)及校研究生处进行日常管理，与职能部门联系沟通，及时掌握EDM学员的思想动态、学习情况等，进行有效的管理，EDM研究生导师在研究生的培养过程中起着关键的作用，他们最了解学生，对学生的影响最大，也是学生最尊敬的楷模。EDM学员大部分是在职攻读，有一半时间不在校，期间与导师联系较多，所以EDM导师教书育人的重要性要高于普通研究生导师，要求其必须具备崇高的师德和高度的责任心，要求关爱学生，能耐心指导学生，因材施教。导师还必须具有现代教育理念，有较丰富的从事有关学科教学的经验，有较强的教育研究能力，并取得一定的研究成果，有指导硕士研究生的经历和能力，导师队伍中还应包括来自于教育实践第一线的有丰富实践经验的中学高级教师，省市教科院(所)的研究员*从而形成一支优势互补的EDM专业学位研究生指导教师群体。