因为这种体制虽然具有优秀教师比较集中、教育条件相对优良、图书资料比较丰富等优点，但也存在相应的缺点。比如，由于博士研究生培养点是一个集体，这个集体在没有“主讲教授”(欧洲大学教授负责制巾的责任教授)传统的情况下，其负责人一般只能是该点所属行政机构的领导人，一般为院长、副院长、系主任等。这样做的直接原出是，要维持这些博士点的正常运转，由行政领导人担任学科点负责人是最经济、最简便的方式。然而，由行政机构的负责人担任博士点的负责人，一是容易使行政权力与学术权力混淆．使行政原则与学术原则纠葛．从而使博士生的培养过程渗入了较多的行政意志和逻辑，导致产生博士生培养行政化的现象。二是由于博士点隶属于相关的行政机构(学院或系)，一方面，容易造成行政机构为了自己的工作目标和政绩，利用博士点的条件和声誉为白己的工作目标或政绩服务，使博士生的招生和培养违背或脱离研究生教育的规律。另一方面，由于博十点是附属于具体的行政单位的，而行政单位作为一个有一定经济基础的组织，相对于“博导”个人而言．更有条件和能力去进行各种扩大博士点利益的“公关”活动，使学术腐败和权力腐败的危害性增大，也使对此类事件处理的难度增大。因为在我国，以单位名义进行的各种“公关”活动，都具有道德和心理上的明显优势，人们消除心理障碍的理由很充分：我是为了单位，而不是个人。与此同时．接受“公关”的人也往往对这些行为赋予“高尚”的意义：他们是为了单位的利益而来的，便有手不打送礼人，顺其自然地接受他们的“公关”。
