学籍管理工作是学校管理工作的一个重要方面，它不仅是教学工作制度化、规范化的体现，也是教务管理的重要组成部分，对于保证研究生培养过程的正常进行和培养质量，起着重要的作用。目前，由于EDM专业学位研究生的特殊性，其学籍管理没有脱产研究生的学籍管理规范严格，许多学校还没有制定统一的EDM学籍管理规定，在一些环节上存在漏洞和问题。主要表现在管理关系不顺、规章制度不完善、管理措施不落实等，这些问题在一定程度上影响了EDM专业学位研究生的培养质量。
学籍管理是教学管理和教学档案管理的重要内容。它对学员在学习期间的旷课、违纪行为要进行处理，对课程考核结果进行审核，并作出具体的处理意见；根据学员完成学习计划情况，作出是否结业的结论。可以说，学籍管理实施的过程，实际上是对教学法规实施过程的监督，对课程学习质量的检查。因此，必须重视EDM的学籍管理，参照普通研究生学籍管理的有关规定和实施细则，从入学、注册、纪律、退学、奖励、处分、毕业等方面，建立一套适合在职人员特点的学籍管理办法，并严格落实。在建立健全学籍管理制度中，尤其要严格注册报到、上课考勤、成绩登录等几个环节。对不能按时报到的学员，不予注册，有特殊情况者根据单位证明视情节做出处理。组织集中授课期间，进行点名考勤，严格纪律，对无故不上课者酌情给予处理，严里的可给予纪律处分。要进一步规范学员考试成绩的统计、登记、归档等工作，加强透明度和监督，防止在成绩上出现问题。同时，要建立激励机制，对学员学习期间的表现进行考察评比，对思想上进、学习刻苦、成绩优秀的学员给予表彰奖励，评出优秀学员，对成绩较差、违犯纪律的给予处分，并将学员表现和受奖励处分情况通报所在单位。